Ако съдим по пача, този проблем като че ли е когато версията на PHP e 5.3.
Аз направих ъпдейт от 3.6.0 към 3.6.1 на сайт използващ PHP 7.0.9 и няма проблем с логването в администрацията. Единствено ми изписа някакво съобщение за изтекла сесия или нещо такова, но след това всичко си е ОК.
Направи ми впечатление, че трябва да се направи поправка на базата от "Приложения > Приложения > База данни", т.к. имало разминаване във версиите или нещо подобно.